フリーの物では kinput2、skkinput、xwnmo など、商用の物では VJE などの日本語入力フロントエンドを用意します。
シェルの設定ファイル (.cshrc、.bashrc など) や .xinitrc の中で 次のような環境変数を設定します (以下は kinput2 を使う場合)。
(Bourne shell 系の場合)
export XMODIFIERS="@im=kinput2"
export LANG=ja_JP.EUC
アプリケーション毎に XIM を使うための設定を施します。 Athena Widget や Motif をベースにしている物は一般的に、
(アプリケーションクラス名)*inputMethod: kinput2
などとリソースファイルに書きこむことが多いようです。ただし、 これを指定すると起動しなくなってしまう物もあるので (例: Acrobat Reader 4.05) 要注意です。
Gtk ベースの物、GNOME アプリケーションや Mozilla 等では、 特に設定は必要ありません。